Artikkel
Forskere har lyktes med å bygge opp en E. coli-stamme med færre kodoner ved å kombinere biter av DNA.
Illustrasjon: Linde1/iStock
Et kodon består av en sekvens på tre nukleotider langs en mRNA-tråd og definerer 20 essensielle aminosyrer. Totalt finnes det 64 kodoner, inkludert kodoner for start- og sluttsignal.
En forskningsgruppe i Cambridge har klart å bygge et bakteriegenom med redusert antall kodoner som holder liv i bakteriestammen Escherichia coli (1) . Bakteriegenomet ble gjennomgått, og antall kodoner ble redusert fra 64 til 61 kodoner ved at to kodoner for aminonsyren serin og ett for sluttsignal ble fjernet. DNA ble kjemisk syntetisert i biter på 1 kb (dvs. 1 000 nukloetider) og fordelt i åtte bakteriestammer. Ved å bruke av bakteriens naturlige system for utveksling av genetisk materiale ble DNA-bitene kombinert, og genomet komplett. Resultatet ble en E. coli -stamme med et syntetisk generert genom som kan leve og vokse under ordinære laboratoriebetingelser, dog redusert sammenlignet med vanlige E. coli -bakterier.
– Dette omfattende arbeidet med å sette sammen DNA-byggeklosser bestilt fra en leverandør er den største genomjobben som noensinne er gjort, sier Rahmi Lale, som er førsteamanuensis ved Institutt for bioteknologi og matvitenskap ved NTNU.
– DNA-sekvensering er som å lese en DNA-sekvens, men denne studien viser hvordan man kan skrive et helt genom. Ved å frigjøre enkelte kodoner ser man for seg at den ledige kapasiteten kan brukes til nye funksjoner. På sikt kan denne kapasiteten kanskje brukes til å designe og syntetisere nye proteiner, sier Lale.