Tempel og bibliotek
En av generalene i den gresk-makedonske hæren, Ptolemaios, fulgte etter som farao. Han ble stamfar for kongene som fulgte i de neste 300 årene. Ptolemaios fullførte Alexandria etter planene, og han startet byggingen av det berømte fyrtårnet på Pharos. Hans største fortjeneste er imidlertid at han la grunnen for det som skulle bli antikkens viktigste akademiske institusjon Mouseion, musenes tempel, og dets bibliotek, Bibliotheca Alexandrina.
I århundrene som fulgte ble Alexandria et sentrum for vitenskap og kunst. De lærde ved Mouseion ble lønnet av kongene for å kunne drive sine studier uten økonomiske bekymringer. Biblioteket bygde opp en enorm boksamling som trolig etter hvert kom opp i 900 000 bind. Bøkene var ikke bare greske og latinske, men også hebraiske, gamle egyptiske, persiske og orientalske, som ble oversatt. Den første oversettelsen av Det gamle testamente fra hebraisk til gresk ble gjort her. Biblioteket la stor vekt på å skaffe seg originalmanuskripter. Det sies at når et nytt skip kom til byen, ble det gjennomsøkt. Hvis man fant bøker, ble de beslaglagt. De ble så skrevet av, og skipet fikk kopien tilbake.
Kleopatra ble den siste av etterkommerne etter Ptolemaios som satt på tronen i Egypt. Hun giftet seg med Julius Caesar for å skaffe seg en sterk alliert i en strid med sin bror, Ptolemaios XIII. Caesar satte fyr på Ptolemaios’ flåte, og i brannen som fulgte gikk dessverre en stor del av boksamlingen opp i flammer i 48 f.Kr. Biblioteket hadde imidlertid fortsatt stor betydning i 300 år, frem til det ble ødelagt i kriger, ved religiøs fanatisme og generelt kulturelt forfall i det tredje og fjerde århundret e.Kr.